示例代码

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)
library(pheatmap)
pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
        annotation_col = annotation_col)

 

但是如果添加多组注释信息的话，他的图例是从上到下依次排列，如果太多图例就会超过绘图边界，比如

annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))),
                          group_1=factor(LETTERS[1:10]),
                          group_2=factor(letters[1:10]),
                          group_3=factor(rep(c("CT1","CT2"),5)))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)

pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
        annotation_col = annotation_col)

 

我有四个图例需要展示，但是这张图只出现了3个

当然可以通过增加图片的高度让第四个图例显示出来

但是如果注释信息再多也不能够一直拉长图片高度呀！ 

有一个办法是更改图例的大小，但是没有找到参数来调节。 

还有一个办法是：现在图例的单列，能不能改为多列显示？也没有找到参数调节

还有一个办法是不用这个函数了，换ComplexHeatmap包中的Heatmap函数 示例代码

mat = matrix(rnorm(100), 10)
rownames(mat) = paste0("R", 1:10)
colnames(mat) = paste0("C", 1:10)
library(ComplexHeatmap)
Heatmap(mat)
column_ha = HeatmapAnnotation(foo1 = runif(10),
                             foo2=rep(c("A","B"),5),
                             foo3=rep(letters[1:5],2),
                             foo4=LETTERS[1:10],
                             foo5=letters[1:10],
                             foo6=LETTERS[1:10])
column_ha
Heatmap(mat,top_annotation = column_ha,
       cluster_columns = F,
       cluster_rows = F)

他的图例自动就换为两列了