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DARNED数据库有什么用

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DARNED数据库收录了human等多个物种的RNA编辑位点信息,除了最常见的A->I类型的RNA编辑外,还收录了部分C->U的RNA编辑位点,网址如下

https://darned.ucc.ie/

该数据库包含的物种如下

  1. Human

  2. Mouse

  3. Drosophila

官网提供了三种检索方式

1. region-based

Assembly选择对应的物种,然后根据Chromosome, start, end筛选对应的染色体区域上的RNA编辑位点信息,通过Limit,可以筛选特定基因区域,比如exon上的编辑位点信息,搜索框如下

DARNED数据库有什么用

2. gene-based

gene-based支持直接检索某个基因上的RNA编辑位点信息,搜索框如下

DARNED数据库有什么用

3. sequence-based

sequence-based支持直接输入一段序列,首先确定该序列在基因上的位置,然后给出对应区间的RNA编辑位点信息,搜索框如下

DARNED数据库有什么用

以human基因AHR为例,检索结果如下

DARNED数据库有什么用

在检索结果中,会给出每个RNA编辑位点的类型,染色体位置,对应的基因,SNP, 是否位于Alu重复序列上等信息。

该数据库是免费下载的,可以从以下链接下载到各个物种的RNA编辑位点信息

https://darned.ucc.ie/download/

DARNED数据库有什么用

相比RADATR数据库,该数据库中收录的RNA编辑位点数量会少一些。

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