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使用conda安装EMBOSS

conda install emboss

seqret命令转化

seqret -feature -osformat2 gff3 -outseq chr01.gff chr01.gb

这是一个java程序 我没有安装成功 

最开始服务器上没有安装java，运行java命令的时候提示我

Command 'java' not found, but can be installed with:

apt install default-jre            
apt install openjdk-11-jre-headless
apt install openjdk-8-jre-headless 

不知道这三个有什么区别，然后使用命令apt install openjdk-8-jre-headless安装了第三个

 第三个工具是python脚本

需要安装biopython和bcbio-gff 直接使用pip安装

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple biopython
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple bcbio-gf

脚本内容

import sys
from Bio import SeqIO
from BCBio import GFF

in_file = sys.argv[1]
out_file = sys.argv[2]

in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file,'w')

GFF.write(SeqIO.parse(in_handle,'gb'),out_handle)

in_handle.close()
out_handle.close()

使用方式

python convert_gb_to_gff3.py input.gb output.gff

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