Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

linux编辑文件命令

linux编辑文件命令有如下：

1、cp命令，作用复制，参数如下：

-a：将文件的特性一起复制。

-p：连同文件的属性一起复制，而非使用默认方式，与-a相似，常用于备份。

-i：若目标文件已经存在时，在覆盖时会先询问操作的进行。

-r：递归持续复制，用于目录的复制行为。

-u：目标文件与源文件有差异时才会复制。

2、rm命令作用为删除，参数：

-f：就是force的意思，忽略不存在的文件，不会出现警告消息。

-i：互动模式，在删除前会询问用户是否操作。

-r：递归删除，最常用于目录删除，它是一个非常危险的参数。

3、mv命令作用为移动文件：

-f：force强制的意思，如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖。

-i：若目标文件已经存在，就会询问是否覆盖。

-u：若目标文件已经存在，且比目标文件新，才会更新。

4、pwd命令，作用为查看”当前工作目录“的完整路径。

pwd-P#显示出实际路径，而非使用连接（link）路径；pwd显示的是连接路径。

5、rmdir命令删除目录：

rmdir [选项]... 目录...

-p：递归删除目录dirname，当子目录删除后其父目录为空时，也一同被删除。如果整个路径被删除或者由于某种原因保留部分路径，则系统在标准输出上显示相应的信息。

-v：verbose显示指令执行过程。

linux--5、文本文件编辑命令

cat命令用于查看纯文本文件(较短的)：

$ cat [选项] 文件

以下是cat命令常用的3个选项：

(1) $ cat -n 文件

-n 表示显示行号。

(2) $ cat -b 文件

-b 表示显示行号，但是不包括空行。

(3) $ cat -A 文件

-A 表示显示出不可见的符号，如空格、tab键等。

more命令用于查看纯文本文件(较长的)：

$ more [选项] 文件

more命令常用的一个参数是"- 数字"，表示预先显示的行数，默认是一页：

$ more -10 文件

head命令用于查看纯文本文档的前N行：

$ head [选项] 文件

(1) $ head -n 10 文件

这个命令表示显示文件的前10行。

(2) $ head -n -10 文件

这个命令表示正常输出，但是不显示最后的10行。

tail命令用于查看纯文本文档的后N行：

$ tail [选项] [文件]

例如，显示文件/etc/passwd的后10行：

$ tail -n 10 /etc/passwd

wc命令用于统计指定文本的行数、字数、字节数：

$ wc [参数] 文本

(1) $ wc -l 文本

-l 参数表示只显示行数。

(2) $ wc -w 文本

-w 参数表示只显示单词数。

(3) $ wc -c 文本

-c 参数表示只显示字节数。

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