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java程序分为：
编辑
编译
解释
运行
运行的都是.class字节码文件，看不到源文件的，你不用操心
采纳即可
可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。可防止代码反编译，更安全，更方便
产品简介
Virbox Protector Standalone提供了强大的代码虚拟化、高级混淆与智能压缩技术，保护您的程序免受逆向工程和非法修改。
Virbox Protector Standalone 将被保护的程序代码转换为虚拟机代码，程序运行时，虚拟机将模拟程序执行，进入和离开虚拟机都有高级代码混淆。虚拟机配合代码混淆可以达到很好的保护效果，尤其是开发者的私有逻辑。高级混淆利用花指令和代码非等价变形等技术，将程序的代码，转换成一种功能上等价，但是难于阅读和理解的代码，可充分干扰静态分析。应用程序的解压缩含有动态密码，让一切自动脱壳工具失效，有效的阻止.Net、PE 程序的直接反编译。
特点
多种加密策略：代码虚拟化、高级混淆、智能压缩
性能分析：智能分析引擎，一键分析各个函数模块调用的次数
支持多种开发语言：多种开发语言加壳支持
源码级保护：保护到汇编级别，c#保护IL级别
免费更新：免费版本升级
只给编译后的.jar文件，不给.java文件
不过要说明的是，java因为是字节码，所以没有办法防止被反编译。
最多也就是做一下代码混淆，比如把方法或变量名改成无意义的名称，或者加一些完全无用的代码进去，让恶意攻击的人难以看懂
基本的单向加密算法：
BASE64 严格地说，属于编码格式，而非加密算法
MD5(Message Digest algorithm 5，信息摘要算法)
SHA(Secure Hash Algorithm，安全散列算法)
HMAC(Hash Message Authentication Code，散列消息鉴别码)
复杂的对称加密（DES、PBE）、非对称加密算法：
DES(Data Encryption Standard，数据加密算法)
PBE(Password-based encryption，基于密码验证)
RSA(算法的名字以发明者的名字命名：Ron Rivest, AdiShamir 和Leonard Adleman)
DH(Diffie-Hellman算法，密钥一致协议)
DSA(Digital Signature Algorithm，数字签名)
ECC(Elliptic Curves Cryptography，椭圆曲线密码编码学)
代码参考：
/**
* BASE64加密
*
* @param key
* @return
* @throws Exception
*/
public static String encryptBASE64(byte[] key) throws Exception {
return (new BASE64Encoder()).encodeBuffer(key);
}
/**
* MD5加密
*
* @param data
* @return
* @throws Exception
*/
public static byte[] encryptMD5(byte[] data) throws Exception {
MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance(KEY_MD5);
md5.update(data);
return md5.digest();
}
/**
* SHA加密
*
* @param data
* @return
* @throws Exception
*/
public static byte[] encryptSHA(byte[] data) throws Exception {
MessageDigest sha = MessageDigest.getInstance(KEY_SHA);
sha.update(data);
return sha.digest();
}
}
/**
* 初始化HMAC密钥
*
* @return
* @throws Exception
*/
public static String initMacKey() throws Exception {
KeyGenerator keyGenerator = KeyGenerator.getInstance(KEY_MAC);
SecretKey secretKey = keyGenerator.generateKey();
return encryptBASE64(secretKey.getEncoded());
}
/**
* HMAC加密
*
* @param data
* @param key
* @return
* @throws Exception
*/
public static byte[] encryptHMAC(byte[] data, String key) throws Exception {
SecretKey secretKey = new SecretKeySpec(decryptBASE64(key), KEY_MAC);
Mac mac = Mac.getInstance(secretKey.getAlgorithm());
mac.init(secretKey);
return mac.doFinal(data);
}
可以的。推荐的是使用绿盾加密，采用的是文件透明加密模块，对平常办公使用是没有影响的。而且绿盾支持与SVN等源代码管理工具无缝结合。
如果企业内部SVN服务器采取透明模式，即加密文件是可以存放在SVN服务器上的，需要达到的效果是SVN服务器上文件密文存储。则配合天锐绿盾应用服务器安全接入系统来实现只有安装了加密客户端的Windows、Linux、MAC端才能够正常的访问公司内部的SVN服务器。
如果企业内部采用eclipse、VS等开发工具，从这些开发工具将代码直接上传到SVN服务器上时会自动解密。为了避免明文、密文混乱存放导致版本比对时出现错误等问题。因此，SVN服务器上需统一存放明文文件。则通过服务器白名单功能实现对终端电脑数据进行强制透明加密，对上传到应用服务器数据实现上传自动解密、下载自动加密。再配合天锐绿盾应用服务器安全接入系统实现只有安装了加密客户端的Windows、Linux、MAC端才能够正常的访问公司内部的SVN服务器。
赛虎信息科技始终倾力为企事业单位的信息安全、绿盾数据防泄密提供一体化顾问式解决方案，为客户提供优质的内网安全管理产品和适合多种行业的应用解决方案。
可以使用加密锁硬件对java进行加密，可以通过加壳的形式防止代码被反编译，也可以在Java代码中进行开发，硬件加密安全性唯一性更高。可以试试ROCKEY系列加密锁，价格也不贵，加密简单。