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linux常用的语言就是shell和python，首先我们得先了解语言的概念
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-EOF
EOF
编写一个简单的bash档如下：
我们可以看到用./执行bash档时，没有进入到/home目录下，这种我们称为 在子shell中执行 ，其不影响当前shell的状况（有时候执行成功没有效果的原因）。但是无论是. 执行还是source执行我们都成功进入了home路径下，这我们称之为 在当前shell执行
su nologinshell 不加载用户的shell
su - loginshell 加载用户的shell
可以很明显的看出来，当用不加载用户的shell加载用户时，是不会具有当前加载用户的权限的，很像windows中的游客模式
history历史记录缓存
~/.bash_history退出后写入缓存
~/.bash_logout退出后执行
在这一层，顺带按图索骥，理解一下linux系统开机的历程。红字：系统层开机/切换用户历程；蓝字：用户层开机/切换用户历程；黄字：用户层关机历程。
曾经玩过一个游戏：在用户指令关机时，会有一辆小火车开过，所以我们可以把调用小火车开过的程式调用写在？
1、命令和文件的自动补齐 shift
2、命令的历史记忆功能：上下键、!number 执行第多少条命令、
!string 找到最近以string开头的命令、! 上一个命令最后的参数、
!! 执行上一个命令、^R 搜索历史命令
3、别名功能：alias 查看别名、unalias 取消别名、(命名前加\斜线跳过别名)
alias xx=’xx’ 定义临时别名、vim ~/.bashrc 定义永久别名
4.快捷键：^D 退出、^A 光标移动到命令最前、^E 光标移动到命令最后、
^L 清屏、^U 往前的删掉、^K 往后的删掉、^Y 撤销、^M 回车
^S 锁屏、^Q 解除锁屏
5.前后台作业控制： 后台不保留、nohup 后台保留、screen
; || （命令返回值echo ?）
*任意多个字符
?任意一个字符
[]匹配括号内任意一个字符
()在子shell中执行
{}集合
\转义字符
注意点:echo -e “a\tb”
$? 前一条命令的执行成功与否
$1 传入的第一个参数 $2 $3 位置变量
没有使用环境变量的必要性
练习内容：读取用户指定文档的ip连通性
bc计算器
假设我们定义了一个变量为：
记忆的方法为：
利用${ } 还可针对不同的变数状态赋值(没设定、空值、非空值)：
基本linux命令有哪些呢？
1、ls命令
就是 list 的缩写，通过 ls 命令不仅可以查看 linux 文件夹包含的文件，而且可以查看文件权限(包括目录、文件夹、文件权限)查看目录信息等等。
常用参数搭配：
ls -a 列出目录所有文件，包含以.开始的隐藏文件
ls -A 列出除.及..的其它文件
ls -r 反序排列
ls -t 以文件修改时间排序
ls -S 以文件大小排序
ls -h 以易读大小显示
ls -l 除了文件名之外，还将文件的权限、所有者、文件大小等信息详细列出来
实例：
(1) 按易读方式按时间反序排序，并显示文件详细信息
ls -lhrt
(2) 按大小反序显示文件详细信息
ls -lrS
(3)列出当前目录中所有以"t"开头的目录的详细内容
ls -l t*
(4) 列出文件绝对路径（不包含隐藏文件）
ls | sed "s:^:`pwd`/:"
(5) 列出文件绝对路径（包含隐藏文件）
find $pwd -maxdepth 1 | xargs ls -ld
2、cd 命令
cd(changeDirectory) 命令语法：
cd [目录名]
说明：切换当前目录至 dirName。
实例：
（1）进入要目录
cd /
（2）进入 "home" 目录
cd ~
（3）进入上一次工作路径
cd -
（4）把上个命令的参数作为cd参数使用。
cd !$
3、pwd 命令
pwd 命令用于查看当前工作目录路径。
实例：
（1）查看当前路径
pwd
（2）查看软链接的实际路径
pwd -P
4、mkdir 命令
mkdir 命令用于创建文件夹。
可用选项：
-m: 对新建目录设置存取权限，也可以用 chmod 命令设置;
-p: 可以是一个路径名称。此时若路径中的某些目录尚不存在,加上此选项后，系统将自动建立好那些尚不在的目录，即一次可以建立多个目录。
实例：
（1）当前工作目录下创建名为 t的文件夹
mkdir t
（2）在 tmp 目录下创建路径为 test/t1/t 的目录，若不存在，则创建：
mkdir -p /tmp/test/t1/t
5、rm 命令
删除一个目录中的一个或多个文件或目录，如果没有使用 -r 选项，则 rm 不会删除目录。如果使用 rm 来删除文件，通常仍可以将该文件恢复原状。
rm [选项] 文件…
实例：
（1）删除任何 .log 文件，删除前逐一询问确认：
rm -i *.log
（2）删除 test 子目录及子目录中所有档案删除，并且不用一一确认：
rm -rf test
（3）删除以 -f 开头的文件
rm -- -f*
6、rmdir 命令
从一个目录中删除一个或多个子目录项，删除某目录时也必须具有对其父目录的写权限。
注意：不能删除非空目录
实例：
（1）当 parent 子目录被删除后使它也成为空目录的话，则顺便一并删除：
rmdir -p parent/child/child11
7、mv 命令
移动文件或修改文件名，根据第二参数类型（如目录，则移动文件；如为文件则重命令该文件）。
当第二个参数为目录时，第一个参数可以是多个以空格分隔的文件或目录，然后移动第一个参数指定的多个文件到第二个参数指定的目录中。
实例：
（1）将文件 test.log 重命名为 test1.txt
mv test.log test1.txt
（2）将文件 log1.txt,log2.txt,log3.txt 移动到根的 test3 目录中
mv llog1.txt log2.txt log3.txt /test3
（3）将文件 file1 改名为 file2，如果 file2 已经存在，则询问是否覆盖
mv -i log1.txt log2.txt
（4）移动当前文件夹下的所有文件到上一级目录
mv * ../
8、cp 命令
将源文件复制至目标文件，或将多个源文件复制至目标目录。
注意：命令行复制，如果目标文件已经存在会提示是否覆盖，而在 shell 脚本中，如果不加 -i 参数，则不会提示，而是直接覆盖！
-i 提示
-r 复制目录及目录内所有项目
-a 复制的文件与原文件时间一样
实例：
（1）复制 a.txt 到 test 目录下，保持原文件时间，如果原文件存在提示是否覆盖。
cp -ai a.txt test
（2）为 a.txt 建议一个链接（快捷方式）
cp -s a.txt link_a.txt
9、cat 命令
cat 主要有三大功能：
1.一次显示整个文件:
cat filename
2.从键盘创建一个文件:
cat filename
只能创建新文件，不能编辑已有文件。
3.将几个文件合并为一个文件:
cat file1 file2 file
-b 对非空输出行号
-n 输出所有行号
实例：
（1）把 log2012.log 的文件内容加上行号后输入 log2013.log 这个文件里
cat -n log2012.log log2013.log
（2）把 log2012.log 和 log2013.log 的文件内容加上行号（空白行不加）之后将内容附加到 log.log 里
cat -b log2012.log log2013.log log.log
（3）使用 here doc 生成新文件
cat log.txt EOF
Hello
World
PWD=$(pwd)
EOF
ls -l log.txt
cat log.txt
Hello
World
PWD=/opt/soft/test
（4）反向列示
tac log.txt
PWD=/opt/soft/test
World
Hello
10、more 命令
功能类似于 cat, more 会以一页一页的显示方便使用者逐页阅读，而最基本的指令就是按空白键（space）就往下一页显示，按 b 键就会往回（back）一页显示。
命令参数：
+n 从笫 n 行开始显示
-n 定义屏幕大小为n行
+/pattern 在每个档案显示前搜寻该字串（pattern），然后从该字串前两行之后开始显示
-c 从顶部清屏，然后显示
-d 提示“Press space to continue，’q’ to quit（按空格键继续，按q键退出）”，禁用响铃功能
-l 忽略Ctrl+l（换页）字符
-p 通过清除窗口而不是滚屏来对文件进行换页，与-c选项相似
-s 把连续的多个空行显示为一行
-u 把文件内容中的下画线去掉
常用操作命令：
Enter 向下 n 行，需要定义。默认为 1 行
Ctrl+F 向下滚动一屏
空格键 向下滚动一屏
Ctrl+B 返回上一屏
= 输出当前行的行号
:f 输出文件名和当前行的行号
V 调用vi编辑器
!命令 调用Shell，并执行命令
q 退出more
实例：
（1）显示文件中从第3行起的内容
more +3 text.txt
（2）在所列出文件目录详细信息，借助管道使每次显示 5 行
ls -l | more -5
按空格显示下 5 行。
11、less 命令
less 与 more 类似，但使用 less 可以随意浏览文件，而 more 仅能向前移动，却不能向后移动，而且 less 在查看之前不会加载整个文件。
常用命令参数：
-i 忽略搜索时的大小写
-N 显示每行的行号
-o 文件名 将less 输出的内容在指定文件中保存起来
-s 显示连续空行为一行
/字符串：向下搜索“字符串”的功能
?字符串：向上搜索“字符串”的功能
n：重复前一个搜索（与 / 或 ? 有关）
N：反向重复前一个搜索（与 / 或 ? 有关）
-x 数字 将“tab”键显示为规定的数字空格
b 向后翻一页
d 向后翻半页
h 显示帮助界面
Q 退出less 命令
u 向前滚动半页
y 向前滚动一行
空格键 滚动一行
回车键 滚动一页
[pagedown]： 向下翻动一页
[pageup]： 向上翻动一页
实例：
（1）ps 查看进程信息并通过 less 分页显示
ps -aux | less -N
（2）查看多个文件
less 1.log 2.log
可以使用 n 查看下一个，使用 p 查看前一个。
12、head 命令
head 用来显示档案的开头至标准输出中，默认 head 命令打印其相应文件的开头 10 行。
常用参数：
-n行数 显示的行数（行数为复数表示从最后向前数）
实例：
（1）显示 1.log 文件中前 20 行
head 1.log -n 20
（2）显示 1.log 文件前 20 字节
head -c 20 log2014.log
（3）显示 t.log最后 10 行
head -n -10 t.log
13、tail 命令
用于显示指定文件末尾内容，不指定文件时，作为输入信息进行处理。常用查看日志文件。
常用参数：
-f 循环读取（常用于查看递增的日志文件）
-n行数 显示行数（从后向前）
（1）循环读取逐渐增加的文件内容
ping 127.0.0.1 ping.log
后台运行：可使用 jobs -l 查看，也可使用 fg 将其移到前台运行。
tail -f ping.log
（查看日志）
14、which 命令
在 linux 要查找某个文件，但不知道放在哪里了，可以使用下面的一些命令来搜索：
which 查看可执行文件的位置。
whereis 查看文件的位置。
locate 配合数据库查看文件位置。
find 实际搜寻硬盘查询文件名称。
which 是在 PATH 就是指定的路径中，搜索某个系统命令的位置，并返回第一个搜索结果。使用 which 命令，就可以看到某个系统命令是否存在，以及执行的到底是哪一个位置的命令。
常用参数：
-n 指定文件名长度，指定的长度必须大于或等于所有文件中最长的文件名。
实例：
（1）查看 ls 命令是否存在，执行哪个
which ls
（2）查看 which
which which
（3）查看 cd
which cd（显示不存在，因为 cd 是内建命令，而 which 查找显示是 PATH 中的命令）
查看当前 PATH 配置：
echo $PATH
或使用 env 查看所有环境变量及对应值
15、whereis 命令
whereis 命令只能用于程序名的搜索，而且只搜索二进制文件（参数-b）、man说明文件（参数-m）和源代码文件（参数-s）。如果省略参数，则返回所有信息。whereis 及 locate 都是基于系统内建的数据库进行搜索，因此效率很高，而find则是遍历硬盘查找文件。
常用参数：
-b 定位可执行文件。
-m 定位帮助文件。
-s 定位源代码文件。
-u 搜索默认路径下除可执行文件、源代码文件、帮助文件以外的其它文件。
实例：
（1）查找 locate 程序相关文件
whereis locate
（2）查找 locate 的源码文件
whereis -s locate
（3）查找 lcoate 的帮助文件
whereis -m locate
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
一、cd命令（切换目录 ）
（1）切换到目录 /usr/local
cd /usr/local
（2）去到目前的上层目录
cd ..
（3）回到自己的主文件夹
cd ~
二、ls命令（查看文件与目录）
（4）查看目录/usr下所有的文件
cd /usr ls -al
三、mkdir命令（新建新目录 ）
（5）进入/tmp目录，创建一个名为a的目录,并查看有多少目录存在
cd /tmp
mkdir a ls -al
（6）创建目录a1/a2/a3/a4
mkdir -p a1/a2/a3/a4
四、 rmdir命令（删除空的目录）
（7）将上例创建的目录a（/tmp下面）删除
rmdir a
（8）删除目录a1/a2/a3/a4，查看有多少目录存在
rmdir -p a1/a2/a3/a4
ls -al
五、cp命令（复制文件或目录 ）
（9）将主文件夹下的.bashrc复制到/usr下，命名为bashrc1
sudo cp ~/.bashrc /usr/bashrc1
（10）在/tmp下新建目录test，再复制这个目录内容到/usr
cd /tmp
mkdir test
sudo cp -r /tmp/test /usr
六、mv命令（移动文件与目录，或更名）
（11）将上例文件bashrc1移动到目录/usr/test
sudo mv /usr/bashrc1 /usr/test
（12）将上例test目录重命名为test2
sudo mv /usr/test /usr/test2
七、rm命令：移除文件或目录
（13）将上例复制的bashrc1文件删除
sudo rm /usr/test2/bashrc1
（14）将上例的test2目录删除
sudo rm -r /usr/test2
八、cat命令：查看文件内容
（15）查看主文件夹下的.bashrc文件内容
cat ~/.bashrc
九、tac命令：反向列示
（16）反向查看主文件夹下.bashrc文件内容
tac ~/.bashrc
十、more命令：一页一页翻动查看
（17）翻页查看主文件夹下.bashrc文件内容
more ~/.bashrc
十一、head命令：取出前面几行
（18）查看主文件夹下.bashrc文件内容前20行
head -n 20 ~/.bashrc
（19）查看主文件夹下.bashrc文件内容，后面50行不显示，只显示前面几行
head -n -50 ~/.bashrc
十二、tail命令：取出后面几行
（20）查看主文件夹下.bashrc文件内容最后20行
tail -n 20 ~/.bashrc
（21） 查看主文件夹下.bashrc文件内容，只列出50行以后的数据
tail -n +50 ~/.bashrc
十三、touch命令：修改文件时间或创建新文件
（22）在/tmp下创建一个空文件hello并查看时间
cd /tmp
touch hello ls -l hello
（23）修改hello文件，将日期调整为5天前
touch -d “5 days ago” hello
十四、chown命令：修改文件所有者权限
（24）将hello文件所有者改为root帐号，并查看属性
sudo chown root /tmp/hello
ls -l /tmp/hello
十五、find命令：文件查找
（25）找出主文件夹下文件名为.bashrc的文件
find ~ -name .bashrc
十六、tar命令：压缩命令
（26）在/目录下新建文件夹test,然后在/目录下打包成test.tar.gz
sudo mkdir /test
sudo tar -zcv -f /test.tar.gz test
（27）解压缩到/tmp目录
sudo tar -zxv -f /test.tar.gz -C /tmp
十七、grep命令：查找字符串
（28）从～/.bashrc文件中查找字符串'examples'
grep -n 'examples' ~/.bashrc