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“卡死”是一个非常主观的描述，如果你要让主线程杀掉卡死的线程，那么你必须给“卡死”做出准确的定义。
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什么是卡死？30秒没有响应就是卡死？那么“没有响应”的定义又是什么？
你给出这些条件以后，杀掉一个线程就不难。Abort方法，Dispose方法，都可以。
这种情况应该尽量避免，比如将大工作量的内容拆分进行。
但肯定无法完全避免，那么给用户显示一个进度条就非常必要了。
如果可能，还应该配上当前进度的一些说明。比如类似： 已完成 53/70 等。
插入 DoEvents 也是可以考虑的，但必须做好必要的准备，否则会出问题。
比如说：用户在处理过程进行到一半的时候，又按了一次按钮，怎么办？
在处理过程中，你的定时器Timer触发了，导致数据变化，怎么办？
甚至，用户直接在过程中点了关闭按钮，怎么办？立刻退还是存完再退？等等。
Timer 是在 主线程里执行的，Thread 是在自己的线程中执行的，多核心的CPU使用线程能提高处理能力。回到你的问题，主线程如果卡死，timer就会失去响应，很正常的。请使用System.Timers.Timer类吧。请参考一下：
1、可能进入了死循环，仔细检查代码有无这种情况。
2、无用的数据一直在累积而没有及时销毁，导致内存占用越来越大，最终崩溃。要注意对象随用随清，及时 Dispose 掉或调用 GC.Collect。