【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

创新互联建站是由多位在大型网络公司、广告设计公司的优秀设计人员和策划人员组成的一个具有丰富经验的团队，其中包括网站策划、网页美工、网站程序员、网页设计师、平面广告设计师、网络营销人员及形象策划。承接：成都网站设计、网站制作、网站改版、网页设计制作、网站建设与维护、网络推广、数据库开发,以高性价比制作企业网站、行业门户平台等全方位的服务。

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

最难的开发语言

第十名、R语言

R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R基于S语言的一个GNU计划项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。

提名词

R语言作者，George Ross Ihaka：在奥克兰大学统计系任副教授，是R语言的最初作者。

2

/10

第九名、Python

颁奖词

Python是一种广泛使用的高级编程语言，属于通用型编程语言。作为一种解释型语言，Python的设计哲学强调代码的可读性和简洁的语法。相比于C++或Java，Python让开发者能够用更少的代码表达想法。不管是小型还是大型程序，该语言都试图让程序的结构清晰明了。

提名词

Python语言作者，Guido van Rossum：生于荷兰哈勒姆，计算机程序员，为Python程序设计语言的最初设计者及主要架构师。

3

/10

第八名、C语言

颁奖词

C是一种通用的编程语言，广泛用于系统软件与应用软件的开发。C语言具有高效、灵活、功能丰富、表达力强和较高的可移植性等特点。C语言编译器普遍存在于各种不同的操作系统中，例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C语言的设计影响了众多后来的编程语言，例如C++、Objective-C、Java、C#等。

提名词

C语言作者，Dennis MacAlistair Ritchie：美国计算机科学家。黑客圈子通常称他为“dmr”。他是C语言的创造者、Unix操作系统的关键开发者，对计算机领域产生了深远影响，并与肯·汤普逊同为1983年图灵奖得主。

4

/10

第七名、Go

颁奖词

Go（又称Golang）是Google开发的一种静态强类型、编译型、并发型，并具有垃圾回收功能的编程语言。Go的语法接近C语言，但对于变量的声明有所不同。Go支持垃圾回收功能。

提名词

Go语言作者，Robert C. Pike：来自加拿大的程序员，曾经加入贝尔实验室，为 UNIX小组的成员。他与肯·汤普逊共同开发了UTF-8。目前为 google的工程师，参与编程语言 Go与Sawzall的研发工作。

5

/10

第六名、JavaScript

颁奖词

JavaScript，通常缩写为JS，是一种高级的，解释执行的编程语言。JavaScript是一门基于原型、函数先行的语言，是一门多范式的语言，它支持面向对象编程，命令式编程，以及函数式编程。它已经由ECMA（欧洲计算机制造商协会）通过ECMAScript实现语言的标准化。它被世界上的绝大多数网站所使用，也被世界主流浏览器（Chrome、IE、Firefox、Safari、Opera）支持。

提名词

JavaScript语言作者，Brendan Eich：美国程序员与企业家，JavaScript主要创造者与架构师，曾任Mozilla公司的首席技术官，并曾短暂担任首席执行官。

6

/10

第五名、Objective-C

颁奖词

Objective-C是一种通用、高级、面向对象的编程语言。它扩展了标准的ANSI C编程语言，将Smalltalk式的消息传递机制加入到ANSI C中。目前主要支持的编译器有GCC和Clang（采用LLVM作为后端）。

提名词

Objective-C作者，Brad Cox：美国计算机科学家。于傅尔曼大学主修化学与数学，于芝加哥大学取得数学生物学博士学位。Objective-C主要作者。

7

/10

第四名、PHP

颁奖词

PHP（全称：PHP：Hypertext Preprocessor，即“PHP：超文本预处理器”）是开源的通用计算机脚本语言，尤其适用于网络开发并可嵌入HTML中使用。PHP的语法借鉴吸收C语言、Java和Perl等流行计算机语言的特点，易于一般程序员学习。PHP的主要目标是允许网络开发人员快速编写动态页面，但PHP也被用于其他很多领域。

提名词

PHP语言作者，Rasmus Lerdorf：出生于格陵兰岛凯凯塔苏瓦克，是一个丹麦程序员，他拥有加拿大国籍。他也是编程语言PHP的创始人，其中PHP的头两个版本是由他编写的，后来他也参与PHP后续版本的开发。

8

/10

第三名、Java

颁奖词

Java是一种广泛使用的计算机编程语言，拥有跨平台、面向对象、泛型编程的特性，广泛应用于企业级Web应用开发和移动应用开发。Java编程语言是个简单、面向对象、分布式、解释性、健壮、安全与系统无关、可移植、高性能、多线程和动态的语言。

提名词

Java语言作者，James Gosling：出生于加拿大，软件专家，Java编程语言的共同创始人之一，一般公认他为“Java之父”。

9

/10

第二名、C++

颁奖词

C++是一种使用广泛的计算机程序设计语言。它是一种通用程序设计语言，支持多重编程模式，例如过程化程序设计、数据抽象、面向对象程序设计、泛型程序设计和设计模式等。

提名词

C++语言作者，Bjarne Stroustrup：生于丹麦奥胡斯郡，计算机科学家。他以创造C++编程语言而闻名，被称为“C++之父”。

10

/10

第一名、Visual Basic .NET

颁奖词

Visual Basic .NET（VB.NET）是.NET Framework框架下的一种多重编程范式高级语言。Visual Basic .NET属Basic系语言，其语法特点是以极具亲和力的英文单词为基础标识，以及与自然语言极其相近的逻辑表达，有时候你会觉得写VB.NET代码就好像在写英文句子一样，从这个角度来说，VB.NET似乎是最高级的一门编程语言，当然在Basic系语言中VB.NET也确实是迄今为止最强大的一门编程语言。

提名词

Visual Basic .NET作者，Alan Cooper：交互设计的提倡者。库珀有些时候被叫做 Visual Basic 之父，虽然大多数的工作是由微软的内部开发团队完成的，但是对于Windows可视化设计工具的创意是来源于库珀的。

R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

ID转换用到的是 bitr() 函数，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注释包中可以使用的类型

columns() ：类似于keytypes()，针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函数enrichGO()进行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

举例：

当前文章：go语言r语言 r语言get
当前地址：http://chengdu.cdxwcx.cn/article/ddjsspc.html