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一、模糊算法
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论文查重检测系统采用模糊算法，进行论文改重降重的时候尽量不要打乱论文的大纲结构，修改重复率高的部分即可。因为如果打乱了大纲结构，系统可能会识别成另一篇论文，标记颜色的位置就会出现差异。
二、灵敏度
一般查重系统设置灵敏度阀值为5%，高于该阀值就会检测为抄袭，所以借鉴文献时可以使用多篇文章，不要完全照搬一篇文章。
三、格式
查重系统一般都有格式要求，所以需要整篇上传，否则就可能会影响到查重结果。
四、多级对比法
以句子为最小单位检测，依次到到段落和全篇，句子可以使用转换句式，词语可以使用替换近义词等方法降低重复率。
五、参考文献
参考文献及附录部分一般不参与检测，系统会自动识别出来。有引用尽量引用整段话，并标记好引用符号，内容太短系统可能检测不出。
如果是两个源代码文件进行比较，实质上是文本比较，两个文本的相似度分析目前没有看到相关的算法，只有特征匹配来比较相似度。查重软件是比较两边目录的文件指纹数字来判断文件是否是重复的，比如比较文件的md5值。
论文查重的原理是连续出现13个字符类似就判断为重复部分，并将重复的内容计算到论文的重复率之中。
论文查重系统会对内容进行分层处理，按照篇章、段落、句子等层级分别创建指纹，而比对资源库中的比对文献，也采取同样技术创建指纹索引。用户将论文上传至查重系统后，系统自动对论文进行检测，待查重完毕后即可提供用户一份查重报告单。
查重（Paper check），全称论文查重，论文原创性检测方法，指将写好的论文通过论文检测系统资源库的比对，得出与各大论文库的相似比。简而言之，就是检测抄袭率，看你论文的原创度，是不是抄袭的论文。
明白论文查重率，对于我们撰写论文以及修改论文查重率而言都是极为有利的。一般来说：重复率 = 论文中抄袭字数/论文中总字数，以知网为例，知网论文检测包括几个查重子系统，但是这些查重子系统的计算规则都是一致的，换言之，知网论文检测率的计算规则是统一的。
以全文来看，一篇论文提交检测，知网系统会将你的论文内容进行分割，比如按照句子或者几个字为一个区，将这部分提取出来，跟论文检测系统的文献库内容进行比对，有多少相似，就拿出来进行标注，一般七八字算作抄袭，当然这不是绝对的，每个系统多少都会有些不同。
我个人为我们课程DIY过一个知网查重的软件工具，是基于数据流分析的，效果还不错，反正修改变量名，提取函数这些小伎俩是完全无用的，甚至可以做到一定的跨语言查重（只把c#代码copy到java里，然后改一改跑起来是会被发现的）。说明程序代码也会进行对比查重算抄袭重复率。下面具体说说程序代码进行知网查重的方法，具体如下：
以c为例，具体流程大概是，先调用预处理器把注释干掉，把macro展开，因include 而弄进来的那波标准库头文件特殊标记一下，然后建立CFG（control flow graph）进行知网查重。因为CFG关心的是变量的值会怎么传播，所以在中间插入一大堆无副作用的语句是不会有任何效果的，把变量换个名或挪个位置（比如加多一层block）也没啥卵用。
c++的话就会麻烦很多，毕竟在c++里就算a + b这么个简单语句，因为operator+可以重载，所以指不定执行完这个语句就可以把地球都炸了呢，而且这个重载在不同namespace里还可能不同，比如namespace A是用地球，
namespace B是对整个地球播一段爱的供养神马的……在c++里建立CFG会是个噩梦……程序代码进行知网查重的方法比较复杂吧！！
程序代码被知网查重很复杂
不过说起来我们的课程比较特殊，因为作业用的是类ACM的提交系统，所以对运行环境有比较严格的限制，这保证了程序代码知网查重查重的准确率。如果是完全开放性的程序代码知网查重（即对语言和第三方lib等等都不做限制的话）恐怕会很困难。
=== 举个例子 ===
以下是前几天刚刚检测到的抄袭代码片段……下面两段java代码被检测出有高度匹配（右图里getARGBData函数只是把二维数组给复制4份凑成一个三维数组而已，没干其他事）……
知网查重时程序代码一样被算重复
另外一点，为了减少漏网之鱼，知网查重时一般都会用低阈值初筛，再人工介入复核。此外建立回溯机制，比如如果某人现场考试的成绩和作业排名差异较大的话，会触发重查，专门为他调低阈值重查一遍+人工复核。不过正因为有人工复核，所以思路相同一般是不至于误判的，毕竟只要代码行数一多，思路再相同，代码风格上也会有很大差异。