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最好在linux系统，多个线程跑。在windows下，你自己电脑吗？如果是的话，内存占的有点大，而且临时文件近1T
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linux速度快啊，很老的机器都可以跑linux，windows就不行
linux自由，可以自己裁剪、编译内核，可以自己定制、编译文件系统，可大可小。很多路由器就几M的存储空间，可以运行linux，装个windows试试。
linux有强大的命令行shell。比如要替换所有文件中的某个关键词，一个命令就完成了。
linux开放，本身源代码公开，linux上跑的绝大多数软件都是开源的
linux是免费的
bowtie 有windows版，tophat 和cufflink都只见过linux版。
如果你想尝试的话还是建议装一个linux。
另外这些软件都很消耗运算，不知你的计算平台如何。
首先的问题的是，我们需要什么样的计算机。
关于硬件：
需要至少4G内存，最好可以达到16G以上内存；
至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右，如果再加上分析之后的结果，可能达到50G，所以即使你有500G的空间，也分析不了几组数据。所以硬盘空间越多越好，比如说2TB或者使用高速网络存贮界质。
CPU，至少2核。因为你在运行程序时，通常100%占到CPU，如果没有2核，计算机多半会假死在那里。如果有8核，或者以上更好。
GPU，很多程序开始使用GPU运算，如果能有好的GPU显卡，也是推荐的，但不是必须的。
为了达到以上的条件，入门极的比如说Mac Pro。进阶级的就是独立server，高级的是supercomputer clusters，支持qsub之类的。或者可以购买云计算服务。
对于操作系统，在工作站方面，推荐Mac OS。它运行稳定，与LINUX同源。需要下载安装Xcode和wget就可以了。当然你还可以很方便的安装office办公软件，以及photoshop，AI等工具。最后安装好R/Bioconductor，就可以开始工作了。如果买了兼容机，可以安装上Linux/UNIX系统。它在安装上R/Bioconductor之后基本上就可以了。它的缺点是办公软件，绘图软件的安装。最差的就是Windows了。需要安装比如GCC编译器，make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。
有了软件及硬件，接下来的工作就是了解一些常识以武装你的大脑，这是整个运行环境中最重要的一环。首先，你需要学习了掌握UNIX常用命令，并且不反感字符界面。其次学会安装，设置及构建网络服务，比如apache的websever，以及mysql的数据库服务。第三安装及设置一个Galaxy。当然，第二步及第三步可能会有难度，可以先使用Galaxy本身的服务，但是它有很多限制，所以最好还是自己安装一个比较好。第四步，学习一门计算机语言，比如c, python, ruby, java等，还有一门脚本式语言工具，比如perl。第五步，学习使用R/Bioconductor。第六步，统计学。
至此，你的NGS分析环境就设置完成了。如果快的话，你可以两三个月就设置完成，达到起步的阶段，之后就是漫长的学习过程。慢的话，四年本科也不一定学到多少。